Tools for manipulating torsion angles

Classes
		builtins.object RotomericStats   class RotomericStats(builtins.object)     RotomericStats(selection='all')       Methods defined here: RotomericStates(s, atomCoordList) __init__(s, selection='all') A class to analyze the rotomeric states of a given ensemble -----dictionarie used in the class---------- torStatCnt  :dict of the form X[UID][State]=count              where X[UID] is a dictionary              and X[UID][State] another dictionary RotAngleName:dict of the from X[UID]=angleName which is a List of tuple              of the form [('CHI1',('N', 'CA', 'CB', 'OG')),                           ('CHI2',('CA','CB', 'OG', 'HG'))] torStateIndex:dict of the form X[UID][State]=Index which is a               list of integers that stores the structure index               value in the atomCoordinates List. scTorsionAtoms: a dict of the form                X['SER'] = [('CHI1',('N', 'CA', 'CB', 'OG')),                            ('CHI2',('CA','CB', 'OG', 'HG'))] binAngle(s, uid, resType, taName, val) creates a dict named angleBins angleBins[uid][torsionangleName] : contains the angle value           corresponding to the torsionangleName binAngleState(s, index) creates two dict:    torStateCnt: dict of the form X[UID][State]=count                 where X[UID] is a dictionary                 and X[UID][State] another dictionary    torStateIndx:dict of the form X[UID][State]=Index which is a                 list of integers that stores the structure index                 value in the atomCoordinates List. binAngles(s, angleFilename=None) Takes in a set of pdb filename and analyze the rotomerics state of each pdb file. The result is written in the file name [filename].angles circularStat(self, angleList) Given a list of angle values (in degrees) return tuple of  (ave,dev,minVal,maxVal), which are angle values in degrees. The values minVal and maxVal correspond to the minimum and maximum values in the input list, which wrap at 180 degrees, and are  only meaningful for angle values which are in a small range.   Added by Robin A Thottungal Calculates the average of Circular Data(in this case angles) Reference Book: Statistical analysis of circular data by N. I. Fisher [ISBN:0521350182] getAngles(s, resType, resid, segid) Given a residue, the method returns the rotomerics state definition for the residue. getBin(s, resType, taname, val) Given the residue type and torsion angle name, the method finds out the states in which the torsion angle can exit and return the angle that is closest to the val. getBranch(s, theta1, theta2) return the branch number n such that n*2*PI+theta1-theta2 is minimal linearAverage(s, angleList) # linearAverage / linearDeviation does not give correct answer # for circular data always. Use circularStat() instead.. linearDeviation(s, angleList) Data descriptors defined here: __dict__   dictionary for instance variables (if defined) __weakref__   list of weak references to the object (if defined)

Functions
		CStat(l) Added by Robin A Thottungal Calculates the average of Circular Data(in this case angles) Reference Book: Statistical analysis of circular data by                 N. I. Fisher [ISBN:0521350182] RotomericStates(atomCoordList) atan(x, /) Return the arc tangent (measured in radians) of x.   The result is between -pi/2 and pi/2. average(l) binAngle(uid, resType, taName, val) binAngleState(index) binAngles(filename) cos(x, /) Return the cosine of x (measured in radians). deviation(l) genXplorRestraint(name, residueNum, value=None, width=0, segmentName=None, checkAtoms=False, comment=None) Generate one XPLOR torsion angle CDIH restraint, given its name, a residue number, the value and width. A value of None specifies that the value is read from the currently loaded structure, otherwise it is  the corresponding torsion angle value in degrees. The segment name may also optionally be specified.   Supported names are currently 'phi', 'psi' and 'omega. Capitalization is  ignored. The omega angle corresponds to the peptide bond between residues numbered residueNum and residueNum+1.   The return value is the restraint string, or an empy string, if one or more of the specified atoms is missing. The checkAtoms argument can be used to  treat the case of missing atoms- if is set to  True, an exception will be thrown in the case of missing atoms, while  setting this parameter to "NoException" will simply return an empty string.   If the comment argument is specified, the specified string is written  at the end of the last line of the restraint, preceeding by the string ' ! '. getAngles(resType, resid, segid) getBin(resType, taname, val) getBranch(theta1, theta2) return the branch number n such that n*2*PI+theta1-theta2 is minimal getIndex() getRotomericStateNames() getRotomericStates() getangleBins() getscTorsionAtoms(resname) log(...) log(x, [base=math.e]) Return the logarithm of x to the given base.   If the base not specified, returns the natural logarithm (base e) of x. pow(x, y, /) Return x**y (x to the power of y). ramaNumber(phi, psi, sigma=100000) Return the Ramachandran Number   The arguments phi and psi should be in units of degrees, and within the the range -180..180 degrees.   sigma is a resolution parameter in inverse degrees.       Reference:  Ranjan V. Mannige, Joyjit Kundu, Stephen Whitelam, "The Ramachandran Number: An Order Parameter for Protein Geometry," PLOS ONE | DOI:10.1371/journal.pone.0160023 setTorsions(angles=[], selection='all', ivm=None, verbose=False, simulation=0) Set selected torsion angles to specified values.   angles is a list of one or more tuples of the form (sel, val), where val is the desired dihedral value (in degrees) and sel is a four-membered tuple, each member a selection string identifying one of the four atoms involved in the torsion angle.     The optional ivm argument specifies an ivm.IVM object referred to for torsion angle definitions; if omitted, an ivm.IVM object is created to allow all standard torsion angles.  One would create an IVM object externally primarily for optimization purposes.   This function will set all torsion angles specified by the angles list that are additionally included in the argument selection (a selection string).   The simulation argument can be used to specify a simulation.Simulation other than the current one. setTorsionsFromTable(table, verbose=False, selection='all') Set dihedral angles to the nominal values specified by table.   The input table specifies the dihedral angles to be modified and the target values (the function torsionTools.setTorsion() sets the new angles). table contains XPLOR RESTraints DIHEdral statements of the type associated with the CDIH term. table can be:    1) a string with such statements    2) a string with the name of a file containing the statements    3) a sequence with any combination of the above two   A sub-selection of atoms can be specified using the selection argument. sin(x, /) Return the sine of x (measured in radians). sqrt(x, /) Return the square root of x.

Data
		RotAngleName = {} angleBins = {} argv = ['/home/schwitrs/bzr-repo/xplor-python3/bin/xplor', 'xplorDoc', '-w', 'xplor', 'ivm', 'monteCarlo', 'trace', 'trajFile', 'selectLogic', 'selectTools', 'xplorInit', 'vmdInter', 'checkWrap', 'hybridMC', 'atomAction', 'potCosAngleRatio', 'rdcPotTools', 'simulationTools', 'shapePotTools', 'pck2xplor', ...] binData = {'ASN_CHI2': (('0', 0), ('180', 180)), 'ASP_CHI2': (('0', 0), ('180', 180)), 'GLN_CHI3': (('0', 0), ('180', 180)), 'GLU_CHI3': (('0', 0), ('180', 180)), 'HIS_CHI2': (('+90', 90), ('-90', -90)), 'PHE_CHI2': (('+90', 90), ('-90', -90)), 'TRP_CHI2': (('+90', 90), ('-90', -90)), 'TYR_CHI2': (('+90', 90), ('-90', -90))} pi = 3.141592653589793 scTorsionAtoms = {'ALA': [], 'ARG': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'CG')), ('CHI2', ('CA', 'CB', 'CG', 'CD')), ('CHI3', ('CB', 'CG', 'CD', 'NE')), ('CHI4', ('CG', 'CD', 'NE', 'CZ'))], 'ASN': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'CG')), ('CHI2', ('CA', 'CB', 'CG', 'OD1'))], 'ASP': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'CG')), ('CHI2', ('CA', 'CB', 'CG', 'OD1'))], 'CYS': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'SG'))], 'GLN': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'CG')), ('CHI2', ('CA', 'CB', 'CG', 'CD')), ('CHI3', ('CB', 'CG', 'CD', 'OE1'))], 'GLU': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'CG')), ('CHI2', ('CA', 'CB', 'CG', 'CD')), ('CHI3', ('CB', 'CG', 'CD', 'OE1'))], 'GLY': [], 'HIS': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'CG')), ('CHI2', ('CA', 'CB', 'CG', 'ND1'))], 'ILE': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'CG1')), ('CHI21', ('CA', 'CB', 'CG1', 'CD1'))], ...} torStateCnt = {} torStateIndx = {}