Tools to aid in setup/analysis of the Sparta potential energy term.
 
This module provides functions to simplify the creation, manipulation and
analysis of spartaPot.SpartaPot potential terms.

Classes
		builtins.object SShiftClipper   class SShiftClipper(builtins.object)     SShiftClipper(verbose=False)       Methods defined here: __init__(s, verbose=False) Initialize self.  See help(type(self)) for accurate signature. clip(s, atom, shift) Check if shift of specified atom.Atom is an outlier. Return a clipped chemical shift value Data descriptors defined here: __dict__   dictionary for instance variables (if defined) __weakref__   list of weak references to the object (if defined)

Functions
		analyze(potList) Perform analysis of spartaPot.SpartaPot  terms and return nicely formatted summary. applyIsotopeCorrection(p, correct='computed') Given a spartaPot.SpartaPot object, update the CA and CB chemical shift tables with appropriate deuterium chemical shifts. If you have measured CA and CB chemical shifts with fully deuterated samples, you should call this function before comparing or refining against SPARTA predicted chemical shift values.   The correct argument is used to specify whether the tabulated correction is added to the computed chemical shift value (default), or subtracted from the observed values. checkCSReference(p, verbose=False) Given a spartaPot.SpartaPot object or a list thereof, check the reference for CA/CB, C and HA chemical shifts.   If verbose is True, status messages will be printed for each test.   A dictionary of computed referencing corrections whose keys are the atom names 'CA', 'CB', 'HA' and 'C'. create_SpartaPot(name, filename=None, restraints='', selection='all', format='plain', saveSet=None, spartaObj=None, annSet='20110324', defaultError=1, selectionFilter='all', useTableErrors=False, ambiguousGlyHA=False, segid=None, verbose=0) Create one or more instance of a spartaPot.SpartaPot given a restraint table filename or string. The format of this string can be plain (internal Xplor-NIH format), 'TALOS', 'PIPP', or 'NMRSTAR'. Optionally, a sparta.Sparta object can be supplied. The NEF format  is supported by passing the nef object returned by nefTools.readNEF() as the restraints argument. The saveSet argument can be specified to choose a specific set of chemical shifts from an NMRSTAR or NEF table.   The selection argument specifies which atoms are included in the chemical shift calculation.   If useTableErrors is True, errors for restraints are taken from a table from Sparta (per residue, per atom type data) averaged over psi/phi surfaces. Otherwise, errors not specified in a restraint table are set to defaultError.   The selectionFitler argument is passed to SpartaPot to filter which chemical shifts will be used as restraints.   If ambiguousGlyHA is True, HA1 and HA2 stereo specific chemical shifts will be made ambiguous. linearFit(x, y) Fit to a linear equation given input data in vectors x and y. Return tuple of slope, intercept, rms. reduce(...) reduce(function, iterable[, initial]) -> value   Apply a function of two arguments cumulatively to the items of a sequence or iterable, from left to right, so as to reduce the iterable to a single value.  For example, reduce(lambda x, y: x+y, [1, 2, 3, 4, 5]) calculates ((((1+2)+3)+4)+5).  If initial is present, it is placed before the items of the iterable in the calculation, and serves as a default when the iterable is empty.

Data
		deuteriumIsotopeShifts = {'#': {'CA': -0.55, 'CB': -0.71}, 'A': {'CA': -0.68, 'CB': -1.0}, 'C': {'CA': -0.55, 'CB': -0.71}, 'D': {'CA': -0.55, 'CB': -0.71}, 'E': {'CA': -0.69, 'CB': -0.97}, 'F': {'CA': -0.55, 'CB': -0.71}, 'G': {'CA': -0.78, 'CB': 0.0}, 'H': {'CA': -0.55, 'CB': -0.71}, 'I': {'CA': -0.77, 'CB': -1.28}, 'K': {'CA': -0.69, 'CB': -1.11}, ...} errTable = {'A': {'C': 1.1803, 'CA': 0.7272, 'CB': 0.9862, 'HA': 0.248, 'HN': 0.4665, 'N': 2.1977}, 'C': {'C': 1.3336, 'CA': 1.7251, 'CB': 2.1403, 'HA': 0.3277, 'HN': 0.5272, 'N': 2.7183}, 'D': {'C': 1.1026, 'CA': 0.8881, 'CB': 1.0826, 'HA': 0.2307, 'HN': 0.4883, 'N': 2.4507}, 'E': {'C': 1.0043, 'CA': 0.8603, 'CB': 0.9597, 'HA': 0.226, 'HN': 0.4585, 'N': 2.2795}, 'F': {'C': 1.1134, 'CA': 1.16, 'CB': 1.1719, 'HA': 0.3195, 'HN': 0.5049, 'N': 2.4639}, 'G': {'C': 1.1789, 'CA': 0.839, 'HA': 0.3095, 'HN': 0.5341, 'N': 2.5161}, 'H': {'C': 1.1312, 'CA': 1.2755, 'CB': 1.531, 'HA': 0.31, 'HN': 0.5327, 'N': 2.6716}, 'I': {'C': 1.1133, 'CA': 1.2634, 'CB': 1.2393, 'HA': 0.2788, 'HN': 0.4567, 'N': 2.6296}, 'K': {'C': 1.0389, 'CA': 0.9389, 'CB': 0.984, 'HA': 0.2359, 'HN': 0.462, 'N': 2.3347}, 'L': {'C': 1.0904, 'CA': 0.8278, 'CB': 1.1123, 'HA': 0.2453, 'HN': 0.4505, 'N': 2.3406}, ...} forceConstants = {'C': 0.8541722899675755, 'CA': 1.10803324099723, 'CB': 0.7694675284702986, 'HA': 15.2587890625, 'HN': 3.8446751249519413, 'N': 0.15635160411273513}