Tools for nonbonded interaction analysis.

Classes
		builtins.object Violation   class Violation(builtins.object)     Violation(atomi, atomj, dist, dist0)       Methods defined here: __init__(s, atomi, atomj, dist, dist0) Initialize self.  See help(type(self)) for accurate signature. diff(s) name(s) Data descriptors defined here: __dict__   dictionary for instance variables (if defined) __weakref__   list of weak references to the object (if defined)

Functions
		getNBParamsFromXplor(simulation) Read nonbonded parameters from underlying XplorSimulation, via the PSF and loaded parameters. initializeRadii() readXplorRadii(filename) vdwViolations(threshold, selection='not PSEUDO', selection2=None, radiusScale=None) determine nbonded violations:   atoms pairs in selection for which threshold plus the distance   between the atom positions is less than the sums of the appropriate,   scaled vdw radii.   The scale factor is taken from the XPLOR REPEl parameter, if it is used. Otherwise the variable defaultRadiusScale is used (default value is 0.8).   The XPLOR NBXMod parameter is consulted and the appropriate 1-2,3,4 interactions are excluded. Also, explicitly excluded interactions are excluded, if NBXMod>0.   If selection2 is specified, only distances between atoms in the two selections are considered.   Radius scale is normally set from the value of the XPLOR REPEL parameter. An alternative value can be specified using the radiusScale argument.

Data
		chemTypeDist = defaultRadiusScale = 0.8 exclList = [] lookupVector = <cdsVector.CDSVector_int_0_long_int; proxy of <S...::DefaultAlloc,long,int > *' at 0x7f4946760a50> >