python interface intialization script
 
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this executes in module "xplor"
 
Builtin Methods:
 
  from xplorWrap.XplorWrap:
  command(string,names) - call XplorWrap.command(). 
  shell()               - invoke the XPLOR interpreter
 
Useful members:
 
  simulation: an instance of xplorSimulation.XplorSimulation which 
              represents the atomic structure state within XPLOR.
  wrap:       an instance of xplorWrap.XplorWrap
  interp:     the top-level pyInterp.PyInterp object

Functions
		callerName() -> str Return the calling function's name. command(c, r=()) execfile(filename, globals=None, locals=None) fastCommand(c, r=()) call xplorWrap.XplorWrap.fastCommand help() parseArguments(options=[], cmdline='', description='[no description provided]', usageString='', allowExtraOptions=False, minArgs=None, maxArgs=None) process extra Xplor-NIH command-line arguments.   Mistyped options will be detected.   Options can be specified using the options argument as a sequence of strings without leading dash(es). On the command-line options start with a single or double dash. Option can have zero or more arguments, the number of which is  specified by a number separated by a colon from the option name (if omitted, the number defaults to 0. Alternatively, the elements of the options argument can be tuples with 3 elements: option name, sequence of argument  descriptions (or None), and a description. If there is a single option  argument, it may be specified as a string. For option arguments the literal  character sequence %q% is converted to a single quote. Thus, it is  not possible to pass this sequence as an option argument.   If allowExtraOptions is True, extra options will be allowed, and not treated as errors.      Options present on the command-line but which are not specified in the options argument will cause an error.   The return value is (optlist,args), where   optlist is [(option, arg1, arg2..), ...]   and args are the remaining command-line arguments after options have   been parsed.   example:   (optlist,args) = parseArguments(["help-script","outfile:1"])   The cmdline, description and usageString arguments are used to generate  output when the following options are specified:       --help-cmdline  - prints the program name (as deduced from argv[0]),                       followed by the cmdline argument.     --help-description - print the description string with newline characters                          replaced with spaces.     --help-script      - print a usage string build from the cmdline,                          description and usageString arguments.     --help             - same as --help-script     --help-all         - print common Xplor-NIH command-line options after                          --help-script output     --output-rst       - the usage string printed using --help-script                           normally has its reStructedText markup stripped                          with the rst2txt facility. If this option is                          placed first, the markup is preserved.     --pdf              - in a similar fashion to the --output-rst option,                          if this option is placed before --help-script, the                          reStructuredText help string is converted to PDF                          and displayed in a separate window. This option                          has the side-effect of setting the module-global                          variable outputPDF to True (otherwise it is False).   For each of these options after printing the string, exit() is called.   The number of non-option arguments can be bracketed using the minArgs and maxArgs parameters. pyConfigFile(name) return the full path of a .xplornih configuration file whose filename is name rcDir() return the path of the Xplor-NIH configuration directory.   If the directory does not exist, create it rcPyDir() return the path of the Xplor-NIH configuration directory.   If the directory does not exist, create it requireVersion(vStr, raiseException=True) Returns True if the current Xplor-NIH version is less than that specified in vStr. If raiseException=True, an exception is raised. writeConsole(msg) write a message to the user's console - file descriptor number 9. This is stdout from where the xplor command is typed. writeExitMessage()

Data
		LD_LIBPATH_VAR = 'LD_LIBRARY_PATH' XPLOR_DIR = '/home/schwitrs/xplor' allowStartupFailures = 1 arg1 = '-m' argN = 'publicIVM' argv = ['/home/schwitrs/xplor/bin.Linux_x86_64/xplor', '-m', 'xplorDoc', '-w', 'xplor', 'ivm', 'monteCarlo', 'trace', 'trajFile', 'selectLogic', 'selectTools', 'xplorInit', 'vmdInter', 'checkWrap', 'hybridMC', 'atomAction', 'potCosAngleRatio', 'rdcPotTools', 'simulationTools', 'shapePotTools', ...] cnt = 1 e = '/home/schwitrs/xplor/python/bin.Linux_x86_64/lib/python3.11/site-packages' env = environ({'ARCH': 'Linux_x86_64', 'MWWM': 'allwm'...ib/Linux_x86_64::/usr/local/lib:/usr/local/lib'}) exitMessage = '' interp = <pyInterp.PyInterp; proxy of <Swig Object of type 'PyInterp *' at 0x7f4948d002a0> > k = 'EDITOR' lineBuffering = True newPath = '/home/schwitrs/lib/Linux_x86_64:/home/schwitrs/lib/Linux_x86_64::/usr/local/lib:/usr/local/lib' newargv = ['-w', 'xplor', 'ivm', 'monteCarlo', 'trace', 'trajFile', 'selectLogic', 'selectTools', 'xplorInit', 'vmdInter', 'checkWrap', 'hybridMC', 'atomAction', 'potCosAngleRatio', 'rdcPotTools', 'simulationTools', 'shapePotTools', 'pck2xplor', 'protocol', 'varTensorTools', ...] numProcs = 1 out = 'stderr' p_comm = <socketComm.Comm object> p_host0 = '' p_numProcs = 1 p_port = 9868 p_processID = 0 paths = ['/home/schwitrs/xplor/bin.Linux_x86_64/xlibs', '/home/schwitrs/xplor/bin.Linux_x86_64', '/home/schwitrs/lib/Linux_x86_64', '/home/schwitrs/lib/Linux_x86_64', '', '/usr/local/lib', '/usr/local/lib'] pre = '3.9.2' progName = 'xplorDoc' scriptName = '-w' simPtr = <xplorSimulation.XplorSimulation; proxy of <Swig... of type 'XplorSimulation *' at 0x7f4949c9bdb0> > simulation = <xplorSimulation.XplorSimulation; proxy of <Swig... of type 'XplorSimulation *' at 0x7f4949c9bdb0> > tmp = ['/home/schwitrs/bzr-repo/xplor-python3/bin.Linux_x86_64', '/home/schwitrs/xplor/bin.Linux_x86_64', '/home/schwitrs/xplor/python', '/home/schwitrs/xplor/python/bin.Linux_x86_64', '/home/schwitrs/xplor/python/bin.Linux_x86_64/lib/python3.11', '/home/schwitrs/xplor/python/bin.Linux_x86_64/lib/python3.11/lib-dynload', '/home/schwitrs/xplor/python/bin.Linux_x86_64/lib/python3.11/site-packages', '/home/schwitrs/.xplornih/python', '.'] varName = 'XPLOR_NOLINEBUFFER' version = '3.9.2' version_info = [3, 9, 2] wrap = <xplorWrap.XplorWrap; proxy of <Swig Object of type 'XplorWrap *' at 0x7f4949cbf150> > wrapPtr = <xplorWrap.XplorWrap; proxy of <Swig Object of type 'XplorWrap *' at 0x7f4949cbf150> >