Tools for surface area calculation

Functions
		calcSA(rSolvent=1.2, sel='known') calculate the total effective surface area of the given selection. Radii are calculated as documented for create_SurfaceArea. create_SurfaceArea(rSolvent=1.2, sel='known', radiusType='allatom') create a surfaceArea.SurfaceArea object with the specified solvent radius. Surface area calculations will include atoms specified by the atomSel.AtomSel sel.   if radiusType is allatom, radii are set to be rSolvent + 0.5 * sigma of the NONBond parameter - of all XPLOR type-based parameters read in thus far.   if radiusType is heavyatom, the radii from McCammon, Wolynes and Karplus, Biochem. 18, 927-942 (1979) are used, and protons positions are not considered. dumpVMDRadii(sa) dump radius info in VMD format to file named 'radius.vmd' initializeChemTypeRadii() readXplorRadii(filename)

Data
		chemTypeRadiusLookup = {}