U.S. flag

An official website of the United States government
bit Xplor-NIH VMD-XPLOR
Pydoc: module spartaTools
 
spartaTools		 index


 
Tools to help with configuration and analysis of SPARTA+ (Shifts
  Prediction from Analogue of Residue type and Torsion Angle).

 
Functions
       
create_Sparta(selection='all', annSet='20110211', verbose=False)
Create a SPARTA object given an atom selection.
The annSet argument specifies the neural network model used.
Valid choices are
   '20110211' - published SPARTA model with these modifications:
                  smoothed hbond, electric field contributions
                  order parameter term removed.
   '20110225' - published SPARTA model with these modifications:
                  smoothed electric field contribution, order parameter
                  term removed, hbond term replaced with sum of all
                  (smoothed) h-bond energies. This model does not have
                  discontinuities due to the change of identity of the
                  strongest H-bond (present in the 20110211 model).
   '20110324' - the 20110225 model but with the 20-dimensional BLOSUM
                  residue identification metric with a 5-dimensional
                  version introduced here:
                  http://www.pnas.org/content/102/18/6395.long
 
If True the verbose argument causes informational messages to be printed.