Tools to create a model of a molecular selection consisting of spherical beads
of varying radii.

Functions
		create_BeadRep(selection='known and not PSEUDO', resolution=5, startNumBeads=2, mapTol=0.65, testGrad=False, verbose=False, writeMap=False, writePDB=False) Create a spherical bead representation of the atoms specified in the selection argument. First, an atomic probability map is generated from the specified selection using the atomProb.AtomProb facility with grid spacing specified by the resolution argument. Then beads are added, starting with startNumBeads. For a given number of beads, the position and radius of each bead is varied such that the generated AtomProb map matches as closely as possible the initial map generated by selection using a gradient optimization scheme. If the cross-correlation coefficient of the bead-generated map with the initial map is greater than the mapTol argument, the procedure stops, otherwise the set of beads is discarded and an increased number of beads in generated so that the minimization process is repeated.   When mapTol is achieved, the bead atoms are created in the simulation corresponding to selection. The return object contains a named tuple with members beadAtoms, containing the created beads, and radii, containing the optimized radii,   The created bead atoms' residue name and atom name are given by the module-local variables resName, and name, which take default value "bead" and "blob", respectivley. The segid takes the value Za, where a is replaced by the number of times this function is called. The chemType property is "Zb", where b is replaced by an index corresponding to bead number. This so that unique radii can be assigned by chemical type in the nonbonded term. We have found it useful to multiply the radii by the factor 1.4 to best represent occupied regions in a repelPot.RepelPot energy term.         Additional arguments are:       testGrad    - this flag can be set to True to test the gradient in                   the position/radius optimization procedure.     writeMap    - set this to True to write out the atomProb,AtomProb                   map associated with the bead representation in a file                   named map-NUM.edm, where NUM is the number of beads.     writePDB    - set this to True to write out the PDB associated with                   the determined bead representation. In this PDB, the                   radii are written to the B-factor PDB field in a file                   named shape-NUM.pdb, where NUM is the number of beads.     verbose     - If True, print information about the process of the                   fitting procedure. Additional information printed for                   integer verbose>1.

Data
		name = 'blob' numBeadSets = 0 resName = 'bead' segid = 'Z'