tools to aid in setup/analysis of dipolar coupling potential term sardcPot
 
this module provides functions to simplify the creation, manipulation and
analysis of sardcPot.SARDCPot potential terms.

Functions
		Rfactor(pot, selection='all', normalize=False) R-factor (in percent) for an infinite number of randomly distributed vectors.   The formula is based on Eq. 3 from Clore+Garrett, JACS 121, 9008 (1999):   R-factor = 100 [1/sqrt(2)] sqrt{ sum[(Di_calc - Di_obs)^2] / sum[Di_obs^2] }   where Di_calc and Di_obs are the ith calculated and observed RDC values, respectively.   The selection argument can be used to choose a subset of restraints whose atoms lie in selection.   If normalize is set to True, all values of Di_calc and Di_obs are divided by sardcPot.SARDCPot_Restraint's Dmax in the above equation. addRestraints(rdc, restraints, useSign=True, useDist=False) Add XPLOR XDIPO or SARDC style restraints from a string.   One can specify the useSign argument to specify whether the RDC sign will be significant in evaluating the energy. The useDist argument specifies whether the 1/r^3 RDC dependence will be taken from the coordinates. analyze(potList) perform analysis of SARDCPot terms and return nicely formatted summary avecScale(pot) return pot.rdc.avectorScale() chi2(pot, selection='all') Compute the Chi^2 value for the specified restraints.    The optional selection argument can be used to choose a subset of restraints whose atoms lie in selection. create_SARDCPot(name, file=0, useSign=True, useDist=False, restraints='', domainSel='not PSEUDO', tensor=None) Create an sardcPot.SARDCPot with given name, the filename of an RDC assignment table and/or a string of assignments.   The file argument can optionally be a sequence of filenames.   domainSel is an atomSel.AtomSel which specifies atoms in an aligning subunit.   If tensor is specified, it should be a <saTensor>.SATensor object.   One can specify the useSign argument to specify whether the RDC sign will be significant in evaluating the energy. The useDist argument specifies whether the 1/r^3 RDC dependence will be taken from the coordinates. makeTable(rdc) Return the assignment table (a string) corresponding to the  restraints associated with the specified sardcPot.SARDCPot. readRestraint(string, useSign, useDist) rmsd(pot, selection='all') Compute the RMSD value for the specified restraints.    The optional selection argument can be used to choose a subset of restraints whose atoms lie in selection. saupeMatrix(pot, eIndex=None) given a SARDCPot term, return the associated Saupe matrix. If eIndex is specified, return the Saupe matrix associated with the specified ensemble member. NOT YET TESTED! writeNEF(rdc, name) Return a formatted NEF record for the restraints in the given SARDCPot object as a string with the specified saveframe name.

Data
		distances = {'CA_C': 1.52, 'CA_CB': 1.52, 'C_N': 1.33, 'N_HN': 1.023}