pasd.selectTools |
index |
# stereospecific selection conversion
#
# WARNING: this is specific to Xplor-NIH protein atom naming conventions!
#
Functions | ||
|
Data | ||
methylSelectionString = '(\n (resn ALA and name HB*) or\n (resn VAL and n...T and name HE*) or \n (resn THR and name HG2*)\n)\n' stereoSets = {'IUPAC': {'ARG': [('HB3', 'HB2', 'HB*'), ('HG3', 'HG2', 'HG*'), ('HD3', 'HD2', 'HD*')], 'ASN': [('HB3', 'HB2', 'HB*'), ('HD21', 'HD22', 'HD2*')], 'ASP': [('HB3', 'HB2', 'HB*')], 'CYS': [('HB3', 'HB2', 'HB*')], 'GLN': [('HB3', 'HB2', 'HB*'), ('HG3', 'HG2', 'HG*'), ('HE21', 'HE22', 'HE2*')], 'GLU': [('HB3', 'HB2', 'HB*'), ('HG3', 'HG2', 'HG*')], 'GLY': [('HA3', 'HA2', 'HA*')], 'HIS': [('HB3', 'HB2', 'HB*')], 'ILE': [('HG3', 'HG2', 'HG*')], 'LEU': [('HB3', 'HB2', 'HB*'), ('CD1', 'CD2', 'CD*'), ('HD1*', 'HD2*', 'HD*')], ...}, 'XPLOR': {'ARG': [('HB1', 'HB2', 'HB*'), ('HG1', 'HG2', 'HG*'), ('HD1', 'HD2', 'HD*')], 'ASN': [('HB1', 'HB2', 'HB*'), ('HD21', 'HD22', 'HD2*')], 'ASP': [('HB1', 'HB2', 'HB*')], 'CYS': [('HB1', 'HB2', 'HB*')], 'GLN': [('HB1', 'HB2', 'HB*'), ('HG1', 'HG2', 'HG*'), ('HE21', 'HE22', 'HE2*')], 'GLU': [('HB1', 'HB2', 'HB*'), ('HG1', 'HG2', 'HG*')], 'GLY': [('HA1', 'HA2', 'HA*')], 'HIS': [('HB1', 'HB2', 'HB*')], 'ILE': [('HG1', 'HG2', 'HG*')], 'LEU': [('HB1', 'HB2', 'HB*'), ('CD1', 'CD2', 'CD*'), ('HD1*', 'HD2*', 'HD*')], ...}} |