Tools to help create/analyze potential terms based on the difference between
a glob position computed from atomic coordinates and that supplied by a
bead model calculation.

Functions
		analyze(potList) perform analysis of GlobDiffPot terms and return nicely formatted summary create_GlobDiffPot(name, selection='not PSEUDO and not name H*', globSelection=None, globFilename=None, useChainID=False, psf=None, globMap=[('all', 'all', <function numElectronsWeighting at 0x7f4945fd44a0>)]) Create a GlobDiffPot term based on the specified atom selection.   The name of the GlobDiffPot term is given by the name argument (string). If globFilename is specified, the comparison is made with the coordinates in that file (using globSelection).  It is an error to omit both the globSelection and globFilename arguments.  For this potential term, the order of globs in globSelection must match those generated from selection.   This potential term is based on the posSymmPot.PosSymmPot potential, where glob coordinates are used as restraints to averages of atomic postions. By default, the average is taken to be average position weighted by the number of electrons per atom- each residue corresponds to a single glob with the same segid and resid. This definition can be altered by specifying an alternate value of globMap, a list of 2- or 3- membered tuples. The first is used to select a subgroup of atoms for each residue, while the second selects a single bead in the glob representation, where each residue is represented by one or more beads. Thus, in this current implementation a single bead cannot represent more than a single residue. The optional third tuple member specifies a weighting function used for computing a comparison position from the atomic coordinates- if it is omitted, uniform weighting is implied.   If globFile (a string with a PDB filename) is specified, by default the associated coordinates are loaded using protocol.loadPDB (with deleteUnknownAtoms=True); this assumes a standard topology.  Non-standard topology for the input PDB file can be accomodated with the psf argument, which can be a string with the contents of a PSF file, a string with a PSF filename, or a sequence with one of more PSF filenames.  If psf is specified, the coordinates are loaded with protocol.initCoords, using deleteUnknownAtoms=True. If the useChainID argument is set to True, the  ChainID field in the glob file is used for the segment name.   The returned potential term has four members beyond those in a  posSymmPot.PosSymmPot term:       globFilename  - the value of the globFilename argument.     selection     - an atomSel.AtomSel corresponding to the selection                     argument.     globSelection - an atomSel.AtomSel corresponding to the                     globSelection argument.     xsim          - a xplorSimulation.XplorSimulation generated for                     containing glob position information if globFile is                     specified. loadGlobAtoms(pdbFilename, globSim, useChainID=False) numElectronsWeighting(sel) For the specified atomSel.AtomSel, return a normalized list where each atom's weight is proportional to its number of electrons.

Data
		electronCounts = {'ADE': {"C1'": ("C1'", 'CH', 7.0, 'A', 'NUC'), 'C2': ('C2', 'CH', 7.0, 'A', 'NUC'), "C2'": ("C2'", 'CH', 7.0, 'A', 'NUC'), "C3'": ("C3'", 'CH', 7.0, 'A', 'NUC'), 'C4': ('C4', 'C', 6.0, 'A', 'NUC'), "C4'": ("C4'", 'CH', 7.0, 'A', 'NUC'), 'C5': ('C5', 'C', 6.0, 'A', 'NUC'), "C5'": ("C5'", 'CH2', 8.0, 'A', 'NUC'), 'C6': ('C6', 'C', 6.0, 'A', 'NUC'), 'C8': ('C8', 'CH', 7.0, 'A', 'NUC'), ...}, 'CYT': {"C1'": ("C1'", 'CH', 7.0, 'C', 'NUC'), 'C2': ('C2', 'C', 6.0, 'C', 'NUC'), "C2'": ("C2'", 'CH', 7.0, 'C', 'NUC'), "C3'": ("C3'", 'CH', 7.0, 'C', 'NUC'), 'C4': ('C4', 'C', 6.0, 'C', 'NUC'), "C4'": ("C4'", 'CH', 7.0, 'C', 'NUC'), 'C5': ('C5', 'CH', 7.0, 'C', 'NUC'), "C5'": ("C5'", 'CH2', 8.0, 'C', 'NUC'), 'C6': ('C6', 'CH', 7.0, 'C', 'NUC'), 'N1': ('N1', 'N', 7.0, 'C', 'NUC'), ...}, 'GUA': {"C1'": ("C1'", 'CH', 7.0, 'G', 'NUC'), 'C2': ('C2', 'C', 6.0, 'G', 'NUC'), "C2'": ("C2'", 'CH', 7.0, 'G', 'NUC'), "C3'": ("C3'", 'CH', 7.0, 'G', 'NUC'), 'C4': ('C4', 'C', 6.0, 'G', 'NUC'), "C4'": ("C4'", 'CH', 7.0, 'G', 'NUC'), 'C5': ('C5', 'C', 6.0, 'G', 'NUC'), "C5'": ("C5'", 'CH2', 8.0, 'G', 'NUC'), 'C6': ('C6', 'C', 6.0, 'G', 'NUC'), 'C8': ('C8', 'CH', 7.0, 'G', 'NUC'), ...}, 'URI': {"C1'": ("C1'", 'CH', 7.0, 'U', 'NUC'), 'C2': ('C2', 'C', 6.0, 'U', 'NUC'), "C2'": ("C2'", 'CH', 7.0, 'U', 'NUC'), "C3'": ("C3'", 'CH', 7.0, 'U', 'NUC'), 'C4': ('C4', 'C', 6.0, 'U', 'NUC'), "C4'": ("C4'", 'CH', 7.0, 'U', 'NUC'), 'C5': ('C5', 'CH', 7.0, 'U', 'NUC'), "C5'": ("C5'", 'CH2', 8.0, 'U', 'NUC'), 'C6': ('C6', 'CH', 7.0, 'U', 'NUC'), 'N1': ('N1', 'N', 7.0, 'U', 'NUC'), ...}}