U.S. flag

An official website of the United States government
bit Xplor-NIH VMD-XPLOR
Pydoc: module chirality
 
chirality		 index


 
Use the  Cahn-Ingold-Prelog priority rules to determine absolute
R or S chiral configuration.

 
Functions
       
absoluteChirality(atomName, bondOrderFile=None, verbose=False)
Determine S or R absolute configuration. Return value is a tuple of
center name, tuple of ordered bond atom names, and string representing
absolute chirality.
getBondParams(simulation)
Return full matrix mapping chemical type pairs to bond parameters
readBondOrders(filename)
Read entries from a bond order file. Entries have the form:
 
double name1 name2
triple name1 name2
 
where name1 and name2 are atom names. By default all bonds are
single bonds, so they do not need to be specified.
reportChiralities(centers, bondOderFile=None)
Return a nicely formatted string reporting the chirality of each chiral
center specified in centers.
sign(v)

 
Data
        bondOrderByLength = {'cc': (1.41, 1.25), 'co': (1.34,)}