U.S. flag

An official website of the United States government
bit Xplor-NIH VMD-XPLOR
Pydoc: module chemShiftTools
 
chemShiftTools		 index


 
Tools for converting from various chemical shift formats to that used by
the Xplor-NIH potential terms.

 
Functions
       
convertFromPipp(restraints, segid=None, ambiguousGlyHA=False, verbose=False)
Parse the given string restraint table and split it into tables for each
supported atom type present. If segid is not specified, then the
selection omits a segid selection.
convertFromTalos(restraints, segid=None, ambiguousGlyHA=False, verbose=False)
Parse the given string restraint table and split it into tables for each
supported atom type present. If segid is not specified, then the
selection omits a segid selection.
convertRestraints(restraints, format, saveSet=None, segid=None, ambiguousGlyHA=False, returnDict=False, outFormat='XPLOR', verbose=False)
Convert restraints to Xplor-NIH native format.
The format of this string can be 'plain' (internal Xplor-NIH format),
'TALOS', 'PIPP', or 'NMRSTAR'. The saveSet argument can be specified to
choose a specific set of chemical shifts from a NMRSTAR table.
 
The segid argument can be used to add a segment name to each restraint.
 
If ambiguousGlyHA is True, HA1 and HA2 stereo specific chemical
shifts will be made ambiguous.
 
For outFormat="XPLOR", the return value is a string of lines of the form:
    assign (selection) val err
unless returnDict=True, in which case, a dictionary is returned with
the keys atom names, and the values (possibly mutiline) strings of assign
lines.
 
For outFormat="tuples", a list of tuples of ( "sel str", shift, err ) is
returned, with the err element possibly missing.
nameConvertType(name)
Given an atom name, return a tuple consisting of the corresponding
Sparta atom type and a possibly converted atom name