Tools to help with calculations using a CafeMol RNA bead model.

Functions
		genPSF(pdbFilename) Generate PSF info from CafeMol-style PDB file.      It is normal to see this message: %PATCH-ERR: dihedral 1P    1S    2P    2S    not found loadNinfoNonBonded(filename, selection='not pseudo') Read the spcified ninfo file for non-bonded parameters required by <pair12_10PotTools>.create_Pair12_10Pot nonBondToDistanceRestraints(filenameOrString, types=['basepair'], pmErr=2, selection='not pseudo') Given the ninfo filename, generate distance restraints from the  nonbonded terms specified by types. The noePot.NOEPot restraint +/-  error is specified by the pmErr argument. The selection argument can be  used to specify restraints for a subset of loaded atoms.   A string of NOEPot restraints is returned, which can be loaded by  NOEPot.addRestraints(). readCovalentParams(ninfoFilename, verbose=False, selection='not PSEUDO') Read BOND, ANGL and DIHE parameters from the specified ninfo file.  Default NONBonded parameters are also added so that the VDW and RepelPot  terms do not crash if invoked.   This function must be called after a PSF is initialized, and has a side  effect: if an angle has an energy scale (force constant) of 0, that angle wil be removed. validateAtomIDs(pdbFilename) Check that atom id field in the input CafeMol PDB file are the same as in the current PSF.